まだまだ研究中なんですが、画像のように81.696秒で123.321秒にシークするスクリプトを書いてみました。
そのままだとシーク後に動画が停止し、PPDが終了してしまうので開始フラグを立てています。

シーク後に曲に僅かな間が空いてしまうのですが、環境依存でしょうか。
WMPでのシークより明らかに遅い感じです。
動画のビットレートを下げて再エンコし負荷を軽くしてみましたが変わらないようです。

スクリプトの間違いなどを指摘してくださると幸いです。

スクリプト自体はあっていると思います。
添付されたスクリプトを使用したところ、手元ではそれほど違和感なくシークできています…

環境は
Win7 x64
Corei7 3930K@4GHz
Mem 32GB
GPU GTX 570
です。

こんな環境だと問題ないのですが、ノートPCとかだと使えないですね（分かっていたことですが）
一応動画を添付しておきます。動画内だと６秒ぐらいのところでシークが発生しています。
（音がなくてすいません）

どうも環境依存のようですね。
それにしてもKHCmasterさんのPCはハイスペック！
開発者の方なので当たり前なのかな。

当方は
Win7 x64
Corei5 2500K
Mem 8GB
GPU Radeon HD 6670
m4 SSD 128GB
です。

Core i5-3337UのノートPCだともっと遅れます。
譜面には使わないほうが無難かもですね。