お疲れ様です。
質問なのですが、スクリプトマネージャーを開いてスクリプトをセットし「無効化」にした状態で譜面を保存してPPDEditorを終了、
再度PPDEditorを起動してスクリプトマネージャーを開くと無効化されてたのが解除になってるのですが、これは仕様なのでしょうか？

手元では保存されていますが…
再現するプロジェクトファイル丸ごともらえますか？

再度試してみたのですが「PPDEditor起動→最近使用したプロジェクト」で読み込み、スクリプトマネージャーを開くと無効化が解除になってるのですがその状態でもう一度最近使用したプロジェクトで読み込みをしてみてみると無効化のチェックが入ってました。
どうやら一番最初に読み込んだ時にチェックが入らない感じです。

んー、手元ではその操作でも大丈夫ですね。
おそらくですが、ちゃんと無効化されているけど表示だけ有効の状態になっている気がしなくも無いです。

ウチでも以前から無効化が解除になります。
複数のスクリプトを無効化している場合、PPDEditorを起動する度に上から順に無効化が解除されていくようです。
表示だけ無効というわけでもなかったです。