プロジェクトテンプレートの中に

新規で譜面を作成する際に自分で作ったプロジェクトテンプレートを使ってるんですが、
譜面名/Resourse/Imageフォルダーの中に予め画像を仕込む事って出来ますか？

ないです。
そういう場合はModを作れば良いと思っているので対応予定はありません。