早速質問させて頂きます。
スクリプトマネージャーのウインドウの表示優先順位が多分「最前面」での表示設定？になってると思うんですが、自分の場合Editor本体内での表示ではなく、別窓での表示にしてあるのでスクリプトマネージャーの窓を消さないとEditorが見れない状態になってます。
窓右上のピンを横に向けて畳むような感じで使用するしかないんでしょうか？
カーソルを持って行っただけで窓が展開してしまうので少々使いづらい感があります。
他の譜面師さんはどうされてますか？

スクリプトを編集しなければスクリプトマネージャーを表示させる必要はないので必要に応じて表示/非表示を切り替えればいいのではないかと思います。
とはいうものの、モニタのサイズに依存するのでモニタが広ければ常時表示も可能ですね。
参考に開発者の環境ということで…(画像うｐのテストも兼ねて）

自分はピンで端に収納するか幾何の横に収納しとくかのどっちかですねー。
でも今の所頻繁には使わないので最悪非表示にしてます。

自分は幾何と同じ窓に格納して必要に応じて上のタブで切り替えてますね
新規で譜面作るとき最初に何個か放り込むぐらいしか使いませんし